农村冯三村公共服务中心的兴起，带来了互联网时代农村生产、经营和消费观念的变革，加速了资源在城乡之间的流动，成为加快“三农”及城乡一体化发展的新引擎，但发展中的一些新问题也随之而来。
第一，农民从思想认识上不适应日新月异的冯三村公共服务中心发展。有些人认为冯三村公共服务中心只是单纯地将交易转至网上，没有认识到电子商务平台也是信息发布和品牌推广平台。还有人认为，只有日用品才能在网上销售，农产品特别是鲜活农产品不适合在网上销售。同时，受到传统交易习惯影响，大部分的农民、专业合作社、种养殖大户仍然习惯于一手交钱一手交货的面对面交易，不愿接受网络销售，呈现出“上面热、基层冷，城市热、农村冷”的状态。
第二，冯三村公共服务中心企业不适应日益激烈的市场竞争。许多农村网店创业者仅靠一台电脑和一条宽带就当起了网商，农村网店呈现小、散、弱的特点。同时，还有大量的农村网店处于“休眠”状态，很多店铺商品长期不出新，网页宣传画面更新不及时，部分网商年交易额几乎为零。多数网商尚未建立起自己的生产加工、产品研发、影像展示等一条龙信息平台，产品附加值低，盈利空间小。
第三，配套服务需要完善的方面还很多。除少数冯三村公共服务中心交易较集中区域的快递物流体系正在逐步完善外，多数物流企业因网店分散、返程空载严重而导致成本高企等原因，不愿到农村布点，即使布点到农村，也大多只停留在县镇级，广大农村地区还未形成完备的物流配送体系。同时，鲜活农产品容易变质，物流须快速并采用保鲜技术，比工业品的物流成本和运输要求更高，这在一定程度上限制了农村冯三村公共服务中心的发展。同时，网店设计、技术培训、网络通信等配套服务体系也不够完善，有待于进一步规划完善。
第四，传统经营模式不适应逐步规范的市场。近年来，虽然陆续有一些规模较大的冯三村公共服务中心开始注册公司，但大部分冯三村公共服务中心仍处在低水平的模仿阶段，缺少自主品牌。一些地区商品由于商品种类原因产生严重竞争，甚至出现低价恶意竞争现象，不利于冯三村公共服务中心健康发展。同时，农生鲜商品品牌化程度普遍偏低，品质管控难度大，急需通过建立品牌来保证品质标准。
第五，运营环境更新换代快。虽然年轻人在冯三村公共服务中心发展中起到了举足轻重的作用，但从事农业作业的种养殖人员大部分为中老年人，他们多数对电子商务认识不足，而且大部分农村网商都是通过模仿开店发展起来的，没有接受过系统的专业培训，缺乏相应的专业技能和网店运营经验。随着农村冯三村公共服务中心的快速发展，专业技术和管理人才显得尤为重要，在农村地区尤其是网店运营推广、美工设计和数据分析等方面的专业人才相对缺乏。一些地方政府也在积极引进相关专业人才，但因工作条件和环境所限，往往存在“留不住”的现象。
综上阐述，农村冯三村公共服务中心发展迅猛但问题颇多。事物的发展都是循序渐进的，不能一蹴而就，关心农村冯三村公共服务中心要从方方面面抓起，完善农村地区的配套设施服务才是关键。
